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### chunk number 1: 
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options(show.signif.stars=FALSE,digits=4,width=80)


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### chunk number 2: zero
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loc <- "http://www.stat.lsu.edu/faculty/moser/exst7037/jwdata/T6-4.txt"
data <- read.table(url(loc))
colnames(data) <- c("Rate","Additive", "X1", "X2", "X3")
data$Rate <- factor(data$Rate)
data$Additive <- factor(data$Additive)
data


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### chunk number 3: 
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# One Sample test:
xbar <- colMeans(data[, 3:5])
n <- dim(data)[1]
S <- ((n-1)/n) * var(data[, 3:5])
(F0 <- ((n - 3)/3) * t(xbar) %*% solve(S) %*% (xbar))


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### chunk number 4: 
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(anova(m0 <- lm(cbind(X1, X2, X3) ~ 1, data)))


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### chunk number 5: 
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mu0 <- c(7, 9, 4)
anova(m1 <- update(m0, I(cbind(X1, X2, X3) - outer(rep(1, n), mu0)) ~.))


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### chunk number 6: 
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data$RateAdd <- factor(with(data, paste(Rate, Additive, sep=".")))
m1 <- lm(cbind(X1, X2, X3) ~ RateAdd, data)
print(anova(m1, test="Wilks"), digits=8)


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### chunk number 7: 
###################################################
m2 <- lm(cbind(X1, X2, X3) ~ Rate*Additive,data)
summary(m2)
print(anova(m2, test="Wilks"), digits=8)
print(anova(m2), digits=8)


###################################################
### chunk number 8: 
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m3 <- manova(cbind(X1, X2, X3) ~ Rate*Additive, data)
summary(m3)


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### chunk number 9: 
###################################################
library(car)
m3 <- update(m2, subset= -c(7,17))
Anova(m3)


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### chunk number 10: 
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library(alr3)
sleep1$D <- factor(sleep1$D)
sleep1 <- na.omit(sleep1)
s1 <- lm(cbind(SWS, PS) ~ log(BodyWt) + log(BrainWt) + log(GP) + D, sleep1)
summary(s1)
s0 <- update(s1, ~ 1)
anova(s0, s1)
Anova(s1)