### R code from vignette source 'logisticreg.Rnw'

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### code chunk number 1: logisticreg.Rnw:7-8
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options(width=80,show.signif.stars=FALSE,digits=4,prompt=" ", continue="   ")


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### code chunk number 2: logisticreg.Rnw:14-15 (eval = FALSE)
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## install.packages("alr4")


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### code chunk number 3: logisticreg.Rnw:19-21
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library(alr4)
some(BlowBS) # from the 'car' package required by 'alr4'


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### code chunk number 4: fig1
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plot( I(died/m) ~ d, BlowBS, xlab="Diameter, cm", ylab="Observed blow down frac.",
         cex=.4*sqrt(m), log="x", ylim=c(0,1))
g1 <- glm(cbind(died, m-died) ~ log(d), data=BlowBS, family=binomial)
bs <- round(coef(g1), 4)
dnew <- seq(3, 40, length=100)
lines(dnew, predict(g1, newdata=data.frame(d=dnew), type="response"), lwd=1.5)
grid(col="gray", lty="solid")


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### code chunk number 5: logisticreg.Rnw:34-36
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summary(g1)
Anova(g1)


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### code chunk number 6: logisticreg.Rnw:48-49
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exp(log(1.1) * confint(g1)[2, ])


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### code chunk number 7: logisticreg.Rnw:53-54
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str(Blowdown)


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### code chunk number 8: logisticreg.Rnw:57-59
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summary(g2 <- glm(y ~ log(d), data=Blowdown, family=binomial, subset=spp=="black spruce"))
compareCoefs(g1, g2) # from 'car'


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### code chunk number 9: fig2
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summary(g3 <- glm(y ~ log(d) + s + spp, data=Blowdown, family=binomial))
(e3 <- allEffects(g3, xlevels=list(d=10)))
plot(e3,rows=1, col=3, rotx=45)