### R code from vignette source 'gam2.Rnw'

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### code chunk number 1: gam2.Rnw:10-11
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options(show.signif.stars=FALSE,digits=4,width=80)


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### code chunk number 2: zero0
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library(car)
data(blowdown, package="alr3")
library(lattice)
print(xyplot(D ~ S|SPP, group=y, data=blowdown,pch=c("o","x"),cex=1.2))


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### code chunk number 3: zero
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library(mgcv)
summary(m0 <- glm(y ~ log2(D) + S, data=blowdown, family=binomial))
par(mfrow=c(1, 2))
mmp(m0)
mmp(m0, blowdown$D)


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### code chunk number 4: one
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m1 <- gam(y ~ s(log2(D)), data=blowdown, family=binomial)
par(mfrow=c(1, 2))
plot(m1)
mmp(m1)


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### code chunk number 5: two
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m2 <- update(m1, ~ . + s(S))
par(mfrow=c(2, 2))
plot(m2, select=1)
plot(m2, select=2)
mmp(m2)
mmp(m2, log2(blowdown$D))


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### code chunk number 6: three (eval = FALSE)
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## m3 <- update(m1, ~ s(log2(D), S))
## AIC(m1, m2, m3)
## anova(m1, m2, m3, test="Chisq")
## par(mfrow=c(2, 2))
## vis.gam(m3)
## vis.gam(m3, theta=-35)
## vis.gam(m2, plot.type="contour", type="response", title="Additive")
## vis.gam(m3, plot.type="contour", type="response", title="Interactive")


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### code chunk number 7: threea
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library(lattice)
print(bwplot(log2(D)~SPP,blowdown))


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### code chunk number 8: four (eval = FALSE)
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## system.time(m4 <- update(m2,~SPP+s(S)+s(log2(D),by=SPP)))
## summary(m4)
## AIC(m1,m2,m3,m4)
## plot(m4,pages=1, ylim=c(-3, 3))


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### code chunk number 9: gam2.Rnw:193-194 (eval = FALSE)
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## install.packages("gamm4", dependencies=TRUE)


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### code chunk number 10: gam2.Rnw:195-199
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library(gamm4)
loc <- "http://www.stat.umn.edu/~sandy/courses/8053/Data/BGSgirlsLong.csv"
data <- read.csv(loc)
(m2 <- gamm4(Ht_cm ~ s(Age), random = ~(1|Subject), data= na.omit(data)))