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### chunk number 1: 
###################################################
options(show.signif.stars=FALSE,digits=4,width=80)


###################################################
### chunk number 2: one
###################################################
library(alr3)
library(mgcv)
data(trees)
pairs(trees)


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### chunk number 3: two
###################################################
m0 <- lm(Volume~Height+Girth,trees)
mmp(m0)


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### chunk number 4: three
###################################################
summary(m1 <- gam(Volume~s(Height) + s(Girth), data=trees))


###################################################
### chunk number 5: threea
###################################################
summary(m1a <-
gam(Volume ~ s(Height, bs="cr") + s(Girth, bs="cr"), data=trees))


###################################################
### chunk number 6: three
###################################################
par(mfrow=c(1,3))
plot(m1, residuals=TRUE, select=1)
plot(m1, residuals=TRUE, select=2)
mmp(m1) # from the alr3 package


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### chunk number 7: 
###################################################
m2 <-update(m1, ~ . - s(Girth))
anova(m2, m1, test="F")


###################################################
### chunk number 8: 
###################################################
summary(m3 <- update(m1, ~ . - s(Height) + Height))
AIC(m2, m3, m1)


###################################################
### chunk number 9: five
###################################################
par(mfrow=c(1, 2))
summary(m4 <- update(m1, ~ s(Height, Girth, k=8)))
AIC(m1, m4)
plot(m4)
plot(predict(m1), predict(m4), xlab="Predictions, additive",
 ylab="Predictions, nonadditive")
abline(0, 1)