################################################### ### chunk number 1: ################################################### #line 8 "/HOME/other/arendahl/courses/EPSY8282-2011/class/class27.Rnw" pp <- read.delim("http://rem.ph.ucla.edu/rob/mld/data/tabdelimiteddata/pain.txt") pp$trt <- as.character(pp$treatment) pp$trt[pp$trial<=3] <- "baseline" pp$trt <- factor(pp$trt, levels=c("baseline","attend","distract","no directions")) pp <- subset(pp, !is.na(pp$l2paintol)) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### #line 16 "/HOME/other/arendahl/courses/EPSY8282-2011/class/class27.Rnw" library(nlme) library(lattice) library(latticeExtra) ################################################### ### chunk number 3: ################################################### #line 23 "/HOME/other/arendahl/courses/EPSY8282-2011/class/class27.Rnw" m1 <- gls(l2paintol ~ trt*cs, data=pp, correlation=corCompSymm(form=~1|id), weights=varIdent(form=~1|trial)) m2 <- lme(l2paintol ~ trt*cs, data=pp, random=~1|id, weights=varIdent(form=~1|trial)) ################################################### ### chunk number 4: ################################################### #line 32 "/HOME/other/arendahl/courses/EPSY8282-2011/class/class27.Rnw" anova(m1, m2) ################################################### ### chunk number 5: ################################################### #line 38 "/HOME/other/arendahl/courses/EPSY8282-2011/class/class27.Rnw" r1 <- residuals(m1) r1p <- residuals(m1, type="pearson") ################################################### ### chunk number 6: ################################################### #line 43 "/HOME/other/arendahl/courses/EPSY8282-2011/class/class27.Rnw" plot(xyplot(r1~trial|treatment*cs, group=id, type="b", data=pp)) ################################################### ### chunk number 7: ################################################### #line 46 "/HOME/other/arendahl/courses/EPSY8282-2011/class/class27.Rnw" plot(xyplot(r1p~trial|treatment*cs, group=id, type="b", data=pp)) ################################################### ### chunk number 8: ################################################### #line 51 "/HOME/other/arendahl/courses/EPSY8282-2011/class/class27.Rnw" r2 <- residuals(m2, level=0:1) head(r2) r2p <- residuals(m2, level=0:1, type="pearson") ################################################### ### chunk number 9: ################################################### #line 57 "/HOME/other/arendahl/courses/EPSY8282-2011/class/class27.Rnw" plot(xyplot(r2[,1]~trial|treatment*cs, group=id, type="b", data=pp)) ################################################### ### chunk number 10: ################################################### #line 60 "/HOME/other/arendahl/courses/EPSY8282-2011/class/class27.Rnw" plot(xyplot(r2[,2]~trial|treatment*cs, group=id, type="b", data=pp)) ################################################### ### chunk number 11: ################################################### #line 67 "/HOME/other/arendahl/courses/EPSY8282-2011/class/class27.Rnw" m3 <- lme(l2paintol ~ trt*cs, data=pp, random=~trial|id, weights=varIdent(form=~1|trial)) p1 <- plot(ranef(m2)) p2 <- plot(ranef(m3)) plot(c(`RI`=p1, `RIAS`=p2, layout=c(3,1)))